藍綠菌在地球上已存在約21億年，是目前以來發現到的最早的光合放氧生物，對地球表面從無氧的大氣環境變為有氧環境起了巨大的作用。通過刺激生物多樣性和導致厭氧生物接近滅絕，顯著的改變了在地球上生命形式的組成。根據內共生學說，在植物和真核藻類發現的葉綠體是從藍細菌祖先通過內共生進化而來的。