環保署跟縣市政府合作，於2015年底推動總量管制計畫，要將一級管制區內的「放流水標準」提高到與「灌溉水標準」相同。柯金源對此表示期待，希望此計畫可解決目前正在訴訟中的高雄震南鐵線酸洗廢水問題。