人類對關鍵物種（Keystone species）——如大法螺和鯊魚——不可持續的過度捕撈，會破壞珊瑚礁相關的重要食物鏈。捕魚活動也對珊瑚礁造成了影響：捕魚加大了來自船舶的污染，在用拖網、錨、漁網捕撈時也會捕到一些副漁獲物（如海豚和海龜）造成對珊瑚礁棲息地的破壞