1993年1月12日，在克羅埃西亞獨立戰爭期間，中華民國人道援助該國10萬美元。2019年，克羅埃西亞是中華民國第96大貿易夥伴、第123大進口夥伴、第84大出口夥伴。出口至克羅埃西亞的金額為5,139萬2,515美元，年減16.899%。自克羅埃西亞進口的金額為606萬5,368美元，年增48.423%。貿易呈現出超（盈餘）4,532萬7,147美元，年減21.521%；2018年，克羅埃西亞是中華民國第99大貿易夥伴、第129大進口夥伴、第85大出口夥伴