在奈良時代和平安時代，由於靠近大陸的地理位置，對馬、壹岐多次遭到外敵入侵，其中規模最大的是11世紀初期的刀伊入寇。但另一方面，長崎縣在當時也是前往東亞大陸的交通要道。遣隋使和早期的遣唐使均曾通過對馬、壹岐後登陸朝鮮半島這一路線東渡唐朝。日本和新羅關係惡化之後，遣唐使改為經由平戶等九州西海岸港口渡海前往唐朝、後更從五島列島出發直接渡海。平戶也是宋日貿易的重要據點之一