1950年5月，崔用德轉任韓國空軍士官學校校長，授階准將。在不到1個月後韓戰爆發，崔用德帶領學校師生轉移到金浦半島，隨著韓軍潰敗，空軍士官學校隨著軍隊一同南撤到鎮海區。在這期間崔用德逐漸完成學校的相關教育制度設計。在戰況轉危為安後，崔用德在1950年7月調往大邱空軍基地，擔任韓國空軍後勤部隊（後改編為後方司令部）司令官。