聖薩爾瓦多城今日已完全不復見，原址為台灣國際造船基隆廠位於和平島的船塢，日治時期1933（日昭和8年）至1936年間（昭和11年），臺灣總督府派學者村上直次郎對遺址進行挖掘，並鼓吹保護殘餘堡基，但在二次大戰盟軍轟炸及日軍多次軍港建設，北荷蘭城堡遺址不復存在任何遺跡。