1月21日台灣的首例武漢肺炎確診後，疾管署提升中國大陸湖北省武漢市旅遊疫情建議至第三級警告，提醒如非必要應避免前往當地；大陸委員會也依指揮中心決定，同步調升武漢的旅遊警示燈為「橙色」，建議民眾避免非必要前往旅行；同日行政院長蘇貞昌表示政府嚴陣以待，境內備有約4400萬個外科口罩，並備有約193萬個N95口罩；隔日交通部觀光局停止旅行業出團至湖北旅遊，也停止接湖北的旅遊團