萬丹原為馬卡道族群居之地，鳳山八社之下淡水社、上淡水社皆為於今日萬丹鄉境內。早在臺灣荷蘭統治時期就有Pangdangh、Panendal兩個音近萬丹的紀載。康熙中葉，漢人越過高屏溪來開墾萬丹。不久後即有萬丹街之稱，為屏東平原最早為漢人所開發的地區之一。雍正年間，縣丞署建於萬丹。 萬丹鄉在臺灣清治時期，屬於鳳山縣所轄，昔日有一萬丹港，可通外海。亦設有萬丹汛，駐兵數十名。