衛生署強化EOC的功能，目前共分為6區，各區都有一個醫學中心做為衛生署的基地醫院，做為最後防線。六區分別是台北區（台北縣市、宜蘭、基隆、金門、馬祖）是台大醫院；北區（桃、竹、苗）是林口長庚醫院；中區（中、彰、投）是台中榮總醫院；南區（雲、嘉、南）是成大醫院；高屏區（高雄縣市、屏東縣）是高雄榮總、高雄長庚醫院。