雖然乙未戰爭涉及的範圍很廣，也的確深入鄉村，但並不是所有地方都在抵抗，這在過往的歷史研究中是不能被提到的。把順應跟抵抗的人一同檢視，你就會發現，平常就會有一群人討厭另一群人，有些人跟清朝政府關係比較好，有些人則不。所以乙未戰爭背後呈現出的，其實是臺灣地方社會的結構性問題。

因此，我的研究與其說是由下而上的乙未戰爭歷史，倒不如說是地方研究的歷史。你如果不把清朝國家底下的那個地方社會弄清楚，你就看不清乙未。

【臺灣史上最大戰爭】乙未割臺那一年，島上的臺灣人都在抗日嗎？專訪臺大歷史學系教授李文良 | 故事 Sto...

「訪談內文節錄」『吳密察教授寫過一篇很有意思的文章談「歷史的出現」，乙未戰爭是臺灣人開始有意識地寫下自身歷史的開端。親身經歷或耳聞那場戰爭的文人們，深深明白下層士紳跟民眾才是真正起身抵抗的人，而不是那些曾高聲疾呼抵抗卻率先逃亡的民主國官紳如丘逢甲、唐景崧和劉永福等人，所以他們動筆想把這段歷史寫下來。

但這些留下紀錄來的主要還是上層的、受過教育的讀書人，他們的紀錄總強調臺灣民主國為什麼失敗，有點像是從明到清政權轉變的時候，晚明的那些文人很努力留下材料說明朝為何滅亡。這些知識分子還是在解釋傳統政權怎麼崩潰的問題，至於被動員的民兵及大眾，則根本不可能留下資料。 』

『所以想要像日本或西方研究中，從士兵寄回去的家書、明信片或某些戰爭紀錄、筆記來回顧戰爭，或從常民的角度去看戰爭，目前還很困難。很困難當然不表示它不應該開始。它還是必須開始，要很努力地從現有的資料想辦法開始，但是就目前來看我覺得還無法很好地展開。

除了史料的問題之外，還有一個問題是戰爭很快就結束了，日本殖民統治下警察跟軍隊系統強力地控制了這個社會。所以這五十年，臺灣人也不可能大喇喇地去談他們的祖先如何英勇抗日。到了戰後，又來了一個同樣很強大的政府，雖然這時候已經可以講抗日，但也只能講抗日。真正屬於民間百姓的記憶被扭轉了好幾次，根本不可能反映 1895 年那個時代了。戰後直接把總督府檔案中鎮壓的「土匪」，翻成抗日義士，這個也不完全是事實。我覺得這是目前比較麻煩的事。』

『對現在的老百姓來說，乙未也許不那麼深刻。這有部分是因為歷史常受到國家意識形態的強烈影響。乙未之後很快就是日本強大的殖民統治，不太可能談抗日；戰後卻又來了一個只想談抗日的統治者。因此乙未的文獻整理與歷史研究，很大部分都還是「國家」的。

你還是可以重新把乙未放在地方社會的架構下來理解，拉近其與社會的距離，讓大家願意重新去了解自己的歷史。想辦法將乙未的歷史，從國家那邊搶過來，變成自己的乙未。』