宮古群島和八重山群島長期處於群雄割據的局面。1474年，宮古島當地豪強仲宗根豐見親歸順琉球國，宮古島進入琉球國控制範圍之內。1500年，琉球國派軍隊攻滅石垣島統治者遠彌計赤蜂。1522年，仲宗根豐見親攻占了與那國島，至此琉球國完全控制了八重山群島。琉球群島北部的奄美群島也在1466年時完全進入琉球國的統治範圍