余秋雨的父親余學文曾在文革時遭關押迫害達十年之久，叔叔余志士割脈自殺於安徽蚌埠。但有人認為他在文化大革命時曾是張春橋、姚文元麾下的「石一歌」寫作組的健筆，然而「石一歌」小組的幾百次會議余秋雨一次都沒有參加，而且其中相當長的時間余秋雨不在上海。1999年4月27日，《文藝報》發表余開偉文章《余秋雨是否應該反思》，揭起余秋雨的文革內幕。1999年第10期《四川文學》發表張育仁文章《靈魂拷問鏈條上的一個重要缺環》，文中指稱余秋雨曾經是「紅衛兵」。余秋雨之後曾在《借我一生》一書中，詳細回憶自己家庭當時被造反派打倒，全家老少八口人靠每月二十六元的救濟求生的經歷。