依據財政部所設計的基本稅額申報表，算出的最低稅負應納稅額稱為「基本稅額」。基本稅額不代表最終應納稅額，須先與一般申報書的應納稅額比較。民眾在申報個人綜所稅時，必須同時申報一般所得稅與最低稅負者，兩種申報書表計算出的兩種稅額，選擇稅額高者，即為應納稅額。但當基本稅額高於一般稅額的納稅人，所需繳納的最低稅負差額所得稅款，不可使用投資抵減稅額抵減。