足利義昭是室町幕府的第12代將軍足利義晴的次子，其母親是近衛尚通的女兒慶壽院。他也是第13代將軍足利義輝的同胞弟弟。足利義昭出生後，被外祖父近衛尚通收為猶子；而兄長義輝早已被立為嗣子，根據當時足利將軍家的慣例，未能獲得嗣子地位的將軍之子都要出家，因此被送入佛門，進入興福寺的一乘院，法名覺慶。