至16世紀初，包括哈密在內的新疆各地都放棄佛教，皈依伊斯蘭教。隨著民族遷徙融合程度的不斷加深，經過分化和重新組合，哈薩克、烏孜別克、柯爾克孜、回、維吾爾等民族經過這場洗禮後開始走向近代民族。清康熙三十九年（1700年），東察合台汗國為南下的西蒙古準噶爾部首領噶爾丹領兵所滅，天山南北皆在準噶爾部貴族統治之下