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@victor0906
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Sun, Oct 13, 2024 12:04 PM
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最近博士班畢業,想想感覺是時候來分享我過去做的東西
大概是隨意寫寫居多🤪
首先~
來分享我人生的第一篇paper😆
於2020年,發表在Journal of Proteome Research
https://pubs.acs.org/...
雖然IF不高,但是也還是Q1的好期刊之一
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@victor0906
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Sun, Oct 13, 2024 12:05 PM
這篇的重點:
。結合了Proximity labeling (PL)以及crosslinking (XL)的技術,以便可以更快速的研究protein-protein interaction network
這篇的背景:
。Proximity labeling是一個可以在鄰近10nm的蛋白標定biotin的技術,然後以streptavidin抓出被biotinylation的蛋白
。DSS crosslinking是一種確認protein-protein interaction的技術,通常用LC/MS/MS分析
這篇的發現:
。為了證明PL+XL的價值,我們以細胞核膜上的蛋白作為bait protein,發現了Martin3新的phenotype
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@victor0906
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Sun, Oct 13, 2024 12:05 PM
雜談:
當初進實驗室的時候,其實對於什麼proximity labeling跟DSS crosslinking沒什麼概念
邊做邊學就發了一篇😆
這時候就要感謝我在長庚唸碩班時
每天很扎實的分生實驗,特別是western blot的部分😆
才有辦法在我博士班生涯的前兩三年
發出第一篇paper
雖然放在paper上的實驗數據不多
但是當初可是沒日沒夜地每天做實驗🤪
有一次甚至做得太晚,結果捷運收班
最後只好坐小黃回家 那也是我第一次知道,從實驗室坐回家要五百塊😂 (不過現在物價飛漲,感覺應該已經不只五百塊了🤪)
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@victor0906
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Sun, Oct 13, 2024 12:06 PM
當初我打算唸博士班之前
曾經有位老師有跟我說過,他說雖然大家都想要投稿到high impact journal
但是如果一開始能有先發一篇小paper
讓自己有可以畢業的底氣
那麼之後即便做一個大型研究
自己也有可以畢業的底氣在
(意思大概是這樣)
所以我還蠻感謝我博班的指導老師
在很短的時間,就讓我有機會可以以第一作者的身份
發表第一篇論文
(雖然後來學校的遊戲規則改了😢) 同時那段時間,對於不太理實驗室的同事們這點有點抱歉 畢竟我那時候覺得,比起建立好同事情誼 先發出一篇我自己的first author至關重要多了
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@victor0906
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Sun, Oct 13, 2024 12:06 PM
在被這間期刊接受論文之前,有一件事讓我印象深刻
先前我們其實有投稿到另一家期刊
在經過兩次的revise之後,最後被拒稿🤪
後來陸續的投了幾間期刊也依舊被拒稿
我還記得有一個匿名的reviewer的回覆是
他看過這篇投稿,不論我們怎麼修改,他都維持拒稿的意見
我那時候內心OS在想
該不會這位指導老師先前有在國外得罪誰吧🫠
不過最後還是幸運的被一間期刊接受了
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@victor0906
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Sun, Oct 13, 2024 12:07 PM
這篇論文同時也是我研究中最省錢的一個😂
最貴的大概就是有streptavidin的磁珠吧,其他並沒有特別燒錢的技術
不過很花時間跟人力倒是真的
一開始我其實並不太清楚老師想要做什麼
在溝通上花了不少時間
也學到了一些LC/MS/MS跟數據分析的東西
不敢說現在就算很厲害了,不過知道了相關技術的know how
或許之後也會很有用處吧
有件事情我覺得有些開心,不過一直沒有跟老師說過
這篇論文發表之後,我們實驗室就轉換了研究方向
在我畢業前一兩年,老師辦了一個類似Journal club的東西 我選了一篇近期在做proximity labeling ,發在science系列的文章 沒想到老師其實還有在繼續關注這個領域,只是他一直沒有說
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@victor0906
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Sun, Oct 13, 2024 12:07 PM
雖然大家都很看影響指數(impact factor)
我其實也看😂但其實我更在意的是我這篇文章被引用的次數
只有文章被引用的時候,這篇文章才有其價值存在
即便是發到Nature, Science或是Cell等大刊
但很少人引用,感覺意義就不大
雖然已經過了很多年,最近還是有看到引用數目往上加
還是覺得有些開心的,我想老師大概也會覺得欣慰吧
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大概是隨意寫寫居多🤪
首先~
來分享我人生的第一篇paper😆
於2020年,發表在Journal of Proteome Research
https://pubs.acs.org/...
雖然IF不高,但是也還是Q1的好期刊之一
。結合了Proximity labeling (PL)以及crosslinking (XL)的技術,以便可以更快速的研究protein-protein interaction network
這篇的背景:
。Proximity labeling是一個可以在鄰近10nm的蛋白標定biotin的技術,然後以streptavidin抓出被biotinylation的蛋白
。DSS crosslinking是一種確認protein-protein interaction的技術,通常用LC/MS/MS分析
這篇的發現:
。為了證明PL+XL的價值,我們以細胞核膜上的蛋白作為bait protein,發現了Martin3新的phenotype
當初進實驗室的時候,其實對於什麼proximity labeling跟DSS crosslinking沒什麼概念
邊做邊學就發了一篇😆
這時候就要感謝我在長庚唸碩班時
每天很扎實的分生實驗,特別是western blot的部分😆
才有辦法在我博士班生涯的前兩三年
發出第一篇paper
雖然放在paper上的實驗數據不多
但是當初可是沒日沒夜地每天做實驗🤪
有一次甚至做得太晚,結果捷運收班
最後只好坐小黃回家 那也是我第一次知道,從實驗室坐回家要五百塊😂 (不過現在物價飛漲,感覺應該已經不只五百塊了🤪)
曾經有位老師有跟我說過,他說雖然大家都想要投稿到high impact journal
但是如果一開始能有先發一篇小paper
讓自己有可以畢業的底氣
那麼之後即便做一個大型研究
自己也有可以畢業的底氣在
(意思大概是這樣)
所以我還蠻感謝我博班的指導老師
在很短的時間,就讓我有機會可以以第一作者的身份
發表第一篇論文
(雖然後來學校的遊戲規則改了😢) 同時那段時間,對於不太理實驗室的同事們這點有點抱歉 畢竟我那時候覺得,比起建立好同事情誼 先發出一篇我自己的first author至關重要多了
先前我們其實有投稿到另一家期刊
在經過兩次的revise之後,最後被拒稿🤪
後來陸續的投了幾間期刊也依舊被拒稿
我還記得有一個匿名的reviewer的回覆是
他看過這篇投稿,不論我們怎麼修改,他都維持拒稿的意見
我那時候內心OS在想
該不會這位指導老師先前有在國外得罪誰吧🫠
不過最後還是幸運的被一間期刊接受了
最貴的大概就是有streptavidin的磁珠吧,其他並沒有特別燒錢的技術
不過很花時間跟人力倒是真的
一開始我其實並不太清楚老師想要做什麼
在溝通上花了不少時間
也學到了一些LC/MS/MS跟數據分析的東西
不敢說現在就算很厲害了,不過知道了相關技術的know how
或許之後也會很有用處吧
有件事情我覺得有些開心,不過一直沒有跟老師說過
這篇論文發表之後,我們實驗室就轉換了研究方向
在我畢業前一兩年,老師辦了一個類似Journal club的東西 我選了一篇近期在做proximity labeling ,發在science系列的文章 沒想到老師其實還有在繼續關注這個領域,只是他一直沒有說
我其實也看😂但其實我更在意的是我這篇文章被引用的次數
只有文章被引用的時候,這篇文章才有其價值存在
即便是發到Nature, Science或是Cell等大刊
但很少人引用,感覺意義就不大
雖然已經過了很多年,最近還是有看到引用數目往上加
還是覺得有些開心的,我想老師大概也會覺得欣慰吧